Merkezi Asya'daki Türk Hanlıklarının birbirine düştüğü böyle bir dönemde önce 1846 yılında Kazalinsk Kalesini ele geçiren Rusların Türkistan illerini istilâsı bundan sonra da devam etti. Bu dönemde sadece 1864 yılında Çimkent üzerine yürüyen Rus orduları, Alim Kul kumandasındaki Hokand ordusu tarafından ağır bir yenilgiye uğratılmış, fakat bu arada Buhara Emirinin Hokand üzerine yüdüğü haberini alan Alim Kul başkenti savunmak için dönünce, bu fırsatı değerlendiren mağlup Rus ordusu 22 Eylül 1864'de Çimkent'i işgâl etmiştir. Böylece iki Türk Hakanı arasındaki anlaşmazlık, Rus ordusuna Türkler tarafından yaşatılan bir hezimetin, büyük bir Rus zaferi olarak tarihe geçmesine vesile olmuştur.
Çimkent'in işgâlinden sonra Alim Kul yönetimindeki Hokand orduları Rus işgaline karşı amansız bir direniş göstermeye devam ettiler. Bu mücadele döneminde Alim Kul ve ordusu, Buhara Ordularının işgal ettiği topraklar ile Rus ordularının işgâl ettiği topraklar arasında adeta mekik dokuyor ve sürekli olarak bir cepheden diğerine koşuyordu. Nihayet 23 Mayıs 1865'de Alim Kul, Rus ordularına karşı Niyaz Bey Kalesini savunurken şehit düştü.

Alim Kul'un ölümünü mütekakip Rus ordularının Taşkent'i kuşattığı ve Taşkentlilerin tam otuz iki gün şehirlerini Ruslara karşı kahramanca müdafaa ettiği bir dönemde bile, Buhara Emiri Muzaffereddin, Hokand devletinin başkentini işgal etmekten geri durmadı. Fakat Orta Asya'nın işgâlinde Hokand veya Buhara ayırımı gözetmeden Rus orduları Hokand ülkesinin işgalinden hemen sonra 1867-1868'de Buhara Emirliğinin hâkimiyet sahalarını da işgal etti. Bunu müteakip 1873'de Hive emirliği ve 1874-1875'de Türkmenistan'ın işgali ile Orta Asya'daki Türk yurtlarının tamamı Rusların kontrolüne girmiş oldu.