Yurtlarının Ruslar tarafından işgâl edilmesine tahammül edemeyen Kırgızlar 1876'da Abdurrahman Abtabacı önderliğinde ve 1885'de ise Oş şehrinde Derviş Han Tora önderliğinden isyan başlatmalarına rağmen her iki isyan da kanlı bir şekilde bastırıldı ve isyancılar katledildi. Buna rağmen Çarlık Rusyası'nın son dönemleri boyunca Kırgız isyanlarının ardı arkası kesilmedi.
17-18 Mayıs 1898 gecesi Andican'ın Mintepe Camii imamı İşan Muhammed Sabıroğlu yönetimindeki ayaklanarak Rus garnizonunu basan Kırgız Türkleri, modern silahlara sahip Rus ordusu karşısında ağır kayıplar verdikten başka, sağ ele geçen 380 kişi de idam edildi. Bu olaydan sonra bölgeyi ziyaret eden Rus Genel Valisini diz çökerek selamlamamakta direnen 208 kişilik bir halk grubu Sibirya'ya sürüldü.

Nihayet 6 Ağustos 1916'da büyük ve toplu bir isyan başlatan Kırgızlar, bütün Türkistan'da yayılmakta olan bağımsızlık savaşına iştirak ettiler. Fakat Ruslar tarafından kanlı bir şekilde bastırılan bu isyânda da Kırgızlar binlerce kayıp verdi ve isyânın bastırılması sonucunda üçyüz bin civarında Kırgız Türkü Çin'e kaçmak zorunda kaldı. Bunca can kaybı ve göçe rağmen Kırgızistan'da milliyetçi Kırgız komiteleri hemen ertesi yıl 1917 Bolşevik ihtilâli sırasında yeniden bağımsızlık mücadelesini başlatmışlar ve bu mücadele 1929 yılına kadar sürmüştür.

Kırgızistan'da yarım asrı aşkin bir süre aralıksız süren bu direnişler ancak Stalin'in despot yönetimi devrinde tamamen sindirilmiş ve bu arada Rusya tarafından 1924'de Muhtar Bölge Statüsü verilen Kırgızistan 1926 yılında Sovyet Sosyalist Cumhuriyet Birliği'ne Kırgızistan adı ile dâhil edilmiştir.