12. yüzyılın başlarından itibaren Kırgızları Cengiz Han yönetimindeki Moğolların hakimiyeti altında görüyoruz. 1217 yılında Moğol yönetimine karşı başlattıkları isyânın kanlı bir şekilde bastırılmasından sonra Kırgızlar 14. asrın sonuna kadar Moğol hakimiyeti altında kaldı. Ancak 1399 yılında yanlarına Oyratları da alan Kırgızlar, Moğol yönetimine karşı başlatılan ikinci isyan ile yeniden bağımsızlığına kavuştular.
Fakat, o dönemde amansız bir hâkimiyet mücadelesinin hüküm sürdüğü Orta Asya'da gerekli şartlara erişemeden bağımsız kalmak kolay değildi. Nitekim Kırgızlar kısa bir bağımsızlık döneminden sonra 1425 yılında Özbek hâkimiyeti altına girdiler ve daha sonra Özbeklerin Moğol saldırıları karşısında tutunamaması sonucunda kuzeydeki Kazakistan bozkırlarına çekilerek Kazak Yönetimi altında Kazaklarla birlikte yaşamaya başladılar.